In questa nuova avventura, i giocatori sono chiamati a esplorare un ampio mondo di gioco e incontrare Yo-kai di vari tipi e dimensioni, che possono reclutare per formare una squadra con cui combattere gli Yo-kai malvagi e dare una mano a chi ne ha bisogno. È possibile prendere il treno per visitare nuove città e scoprire nuovi Yo-kai. Insieme a Hovernyan, l'eroico gatto, i giocatori dovranno andare indietro nel tempo per salvare Valdoro e scoprire le origini dello Yo-kai Watch! Una forza sinistra ha innescato una guerra fra due fazioni di Yo-kai, gli Spiritossi e le Polpanime, provocando una gran confusione in tutto il mondo. Nathan e i suoi amici devono viaggiare nel tempo per scoprire chi ha tessuto questa malvagia trama. . . Nel corso dell’avventura il giocatore incontrerà diversi volti noti già presenti del primo YO-KAI WATCH, tra cui Nathan e Katie, Whisper e Jibanyan, Sandrone e Pier e tanti altri, ai quali si aggiungono tanti nuovi volti, per un’avventura più entusiasmante che mai! Che si scelga YO-KAI WATCH 2: Spiritossi oppure YO-KAI WATCH 2: Polpanime, i giochi offrono moltissime novità fra luoghi da esplorare, attività da svolgere e Yo-kai da incontrare!È possibile trovare oltre 350 Yo-kai con cui fare amicizia, ognuno con una personalità unica. 100 sono nuovi di zecca e alcuni di loro possono diventare amici soltanto in una delle due versioni. Il mondo di Yo-kai è cresciuto molto dal primo gioco. Oltre a girare per Valdoro, adesso è possibile scoprire nuove città (come San Fantastico e Harrilandia) , del presente e del passato, semplicemente salendo su un treno.