La meccanica di gioco si ispira a quella tipica dei giochi di ruolo. Uno dei momenti principali è quindi costituito dalle fasi di esplorazione ell'Isola Guanciale e del Mondo onirico.Avanzando nell'avventura il duo acquisisce nuove abilità che permettono loro di interagire con l'ambiente in diversi modi e sbloccare l'accesso a nuove aree altrimenti inaccessibili.Vi sono poi i combattimenti a turni, nei quali Mario e Luigi possono attaccare, utilizzare oggetti, abilità speciali o combinate.In queste fasi il tempismo (per schivare gli attacchi nemici o aumentare il danno dei propri) diventa un preziosissimo alleato!